分子離子峰的識別
A.在質譜圖中，分子離子峰應該是最高質荷比的離子峰(同位素離子及準分子離子峰除外)。 B.分子離子峰是奇電子離子峰。 C.分子離子能合理地丟失碎片(自由基或中性分子)，與其相鄰的質荷比較小的碎片離子關系合理。 D.氮律：當化合物不含氮或含偶數個氮時，該化合物分子量為偶數；當化合物含奇數個氮時，該化合物分子量為奇數。
1).芳環(包括芳雜環)＞脂環化合物＞硫醚、硫酮＞共軛烯, 且分子離子峰比較明顯。 2). 直鏈酮、酯、酸、醛、酰胺、鹵化物等通常顯示分子離子峰。 3). 脂肪族醇、胺、亞硝酸酯、硝酸酯、硝基化合物、腈類及多支鏈化合物容易裂解，分子離子峰通常很弱或不出現。
醚、酯、胺、酰胺、腈化物、氨基酸酯、胺醇等可能有較強的(M+1)+峰； 芳醛、某些醇或某些含氮化合物可能有較強的(M-1)+峰。
同位素分布列表 同位素峰的分配比 某一元素有兩種同位素，在某化合物中含有m個該元素的原子，則分子離子同位素峰簇各峰的相對強度為： 式中a為輕同位素的相對豐度；b為重同位素的相對豐度。 若化合物含有i 種元素，它們都有非單一的同位素組成，總的同位素峰簇各峰之間的強度可用下式表示： 鹵素同位素峰的分配比 多鹵化合物的分子離子峰可能不是峰簇中的最強峰。除溴化物和多氯化合物及特殊情況（如所含碳原子數超過100）之外，同位素峰簇中的最強峰為分子離子峰。 同位素峰的應用 1).從M+1 峰與M 峰強度的比值，可估算出分子中含碳的數目 2). 從M+2 峰與M 峰強度的比值可估算出分子中含S，Cl，Br 的數目 S 4.4%; M+2, M+4, M+6 峰很特征 3) 其它元素的存在及其原子數目 ①氟的存在可以從分子離子失去20，50u (分別對應失去HF，CF2)而證實 ②碘的存在可以從M－127 得到證實 ③若存在m/z31，45，59…的離子，說明有醇、醚形式的氧存在。從分子量與已知元素組成質量的較大差額也可估計氧原子的存在個數。 ④從分子量與上述元素組成的質量差額可推測 分子中存在的氫原子數目。
