⑴糞便
諾如病毒檢測首選糞便標本。每份標本5g或5ml以上，直接放置于清潔、無菌、干燥的密閉容器內。容器內不可加入任何保護劑、培養基、去污劑或金屬離子，不可稀釋。
⑵肛拭子
肛拭子標本不能長期保存，且檢出率低于糞便標本。肛拭子含糞便量很低時，如檢測結果呈弱陽性，結果容易被誤判，導致假陰性。采集時需注意肛拭子上應有可見的糞便，放入無菌帶蓋密閉采樣管。采樣管中應有2ml無菌PBS緩沖液或Hank’s液，液體需沒過肛拭子棉簽部分，并盡快檢驗。
⑶嘔吐物
嘔吐物每份標本采集5g或5ml以上，直接放置于清潔、無菌、干燥的密閉容器內。容器內不可加入任何保護劑、培養基、去污劑或金屬離子，不可稀釋。
⑷水
目前沒有水樣品采集量的權威規定。懷疑水源性爆發時，建議盡量采集1升以上的水樣品。桶裝水、瓶裝水等直接采集原包裝，自來水需要以無菌容器采集。采用膜過濾法濃縮后檢驗，有助于提高檢出率。
⑸食品
由于食品成分復雜、病毒含量不高，從食品樣品中提取諾如病毒RNA的回收率受限。本指南僅提供海產品、草莓、藍莓和部分蔬菜的參考方法。推薦采集牡蠣、海虹至少10個，三文魚200克，扇貝、毛蚶、文蛤等250克，草莓、藍莓250克，生菜和芽苗菜等500克。食品樣品應置于無菌容器中，立即4℃冷藏，當天運至實驗室進行檢驗。
⑹環境涂抹樣
根據疫情調查需要采集疫情發生機構相關場所如廚房、廁所、門把手、玩具等環境涂抹樣品。可用無菌拭子在無菌PBS里蘸濕，用力涂抹待采表面（最大面積100cm）后，立即浸入核酸提取試劑盒裂解緩沖液中（QIAamp試劑盒560ul，Genaid試劑盒400ul）。