臨床上主要依靠痰液或防污染毛刷經纖維支氣管鏡在下呼吸道取材或進行支氣管肺泡灌洗(BAL),取灌洗液作細菌定量培養及鑒定才能確診。患者若有化膿性肺炎表現,且有鼻飼營養治療等侵入性操作史,臨床上經用青霉素或頭孢類抗生素治療無效,應考慮腸球菌肺炎的可能,并進一步作病原學檢查。腸球菌肺炎應與其他化膿性細菌引起的肺炎相鑒別,主要依靠病原學檢查。