應與下列疾病相鑒別：
1.疣狀皮膚結核 需與尋常疣相鑒別，但它為不規則的疣狀斑塊，周圍有紅暈，常伴有結核中毒癥狀。
2.雞眼 需與跖疣鑒別。其壓痛明顯，表面平滑。
3.毛囊上皮瘤及汗管瘤 有時需與扁平疣相鑒別。此兩者好發于眼附近，組織學改變完全不同。
4.乳頭狀瘤 較尖銳濕疣大，有的直徑可達4～8cm，病程慢，常無癥狀，多發生在老年婦女，需送病理檢查確診。
5.二期梅毒扁平疣 多為單發，邊緣清楚、整齊，基底平坦清潔，質硬而不痛的硬性下疳。梅毒血清反應可作為診斷依據。
6.生殖器鱗狀細胞癌 多見于40歲以上的人，無不潔性交史，浸潤損害明顯，常形成潰瘍，組織病理檢查可以確診。