目前國內所使用的血液分析儀主要為阻抗型儀器，盡管機械部分不斷改進及采用電腦使儀器操作簡便，便于維護保養，但在使用過程中仍可出現故障。最常見的為檢測器的微孔堵塞，其他還可見接插件連接松馳等非電子類故障，操作者不熟悉或疏忽及環境溫度、濕度、不合適試劑應用等其他原因均可導致故障。
檢測器的微孔堵塞分為完全堵孔和不完全堵孔兩類。完全堵孔由于不顯示檢測結果或屏幕上有“Clog”標志易于識別。而不全堵孔可根據觀察計數時間改變，示波器上出現異常圖形，儀器發出不規則聲音，或計數指示燈閃動等加以判斷。
堵孔原因常見為①采血時用棉簽、棉球擦拭吸樣管致棉纖混入血樣中；②采血部份溫度低或穿刺過淺，出血不順，采末梢血過度擠致形成纖維蛋白絲，血小板聚集或生成小凝塊；③血標本通過微孔計數時，其中蛋白質產生變性沉淀在微孔內而未經及時清洗；④標本杯未加蓋，致空氣中污物、塵埃進入（此時杯中液面上發現黑黃色顆粒漂浮物）；⑤儀器長期擱置不用，試劑中水分蒸發，鹽類結晶堵塞。
預防堵孔的方法最好是能在血樣稀釋液的通道上設置濾網增加防堵性；增加樣品針內外自動清洗功能；對試劑采取恒溫措施；也有用高壓電子束燒穿技術等。針對上述原因可用用衛生紙代替棉花，采血時順利取血，防塵，不用儀器時將檢測器浸泡在含稀的非離子表面活性劑中（不可浸泡在稀釋液中）；采用多種方式清洗檢測器，如計數期每檢測一批標本，按幾次儀器的反沖裝置，以沖掉剛沉淀的變性蛋白質；在每日工作完畢時，用清洗劑（不是稀釋液）清洗檢測器3次，并將檢測器浸泡在清洗劑中；在每周周末，卸下檢測器用3-5g/dl的次氯酸鈉溶液浸泡數分鐘用清洗液后在顯微鏡下觀察微孔的清潔度，如發生堵孔可用軟毛刷刷去微孔臟物，或在反沖裝置下刷微孔。如仍無效可卸下檢測器，裝入蒸餾水后用洗耳球從其頂端輕輕加壓使水從微孔射出沖走污物，有人介紹用不損傷微孔的軟頭發絲來通。對血凝塊、纖維絲團、大顆粒灰塵所致嚴重堵死的微孔，清洗時應特別小心，不致損傷微孔。這些方法如無效，則可通過3-5g/dl次氯酸的浸泡后再清洗以去除變性蛋白質。