血漿置換嚴重并發癥及不良反應較少，其并發癥主要與應用新鮮血漿、抗凝劑、體外循環等因素有關。常見并發癥包括過敏反應、低血壓、感染、出血、低血鈣、發熱反應、心功能不全、血栓、心率失常、惡心、嘔吐。
1.過敏反應：多由于新鮮冷凍血漿過敏所致。治療前必須血漿血型符合，使用血漿作為置換液時不建議應用預防性抗過敏藥。輕度的過敏反應可立即使用抗過敏藥物，如抗組胺藥物、鈣劑和糖皮質激素等。嚴重者需立即停止治療，肌注腎上腺素，使用抗過敏藥物，如有休克應積極抗休克治療。
2.低血容量性低血壓：因低血容量和低蛋白血癥(血漿膠體滲透壓降低)所致。處理應先減慢血流量，同時補充血容量。
3.溶血：查明原因，予以糾正，特別注意所輸注血漿的血型，停止輸注可疑血漿；應嚴密監測血鉀，避免發生高血鉀等。
4.感染：與PE引起免疫球蛋白減少，同時使用免疫抑制劑，留置靜脈導管等因素相關。與靜脈導管相關則需拔除靜脈導管，選用敏感的抗生素進行治療。
5.出血傾向：可由血漿置換過程中血小板破壞、抗凝血藥物過量或大量使用，清蛋白置換液置換血漿導致凝血因子缺乏引起。對于高危患者及短期內多次、大量置換者，必須補充適量新鮮血漿。