一、Label-free定量
Label-free定量，顧名思義就是不需要對比較樣本做特定標記處理，只需要比較特定肽段/蛋白在不同樣品間的色譜質譜響應信號便可得到樣品間蛋白表達量的變化，通常用于分析大規模蛋白鑒定和定量時所產生的質譜數據。
Label-free技術又可分為基于譜圖數（Spectra Count，簡稱SC）和基于肽段母離子強度（或色譜離子流的峰面積即XIC）兩種方法，后者更準確，使用更廣泛。
技術特點
無需標記，操作簡單；
不受比較樣品數限制；
對實驗操作穩定性、重復性要求高；
準確性較標記定量差；
要求至少做三次技術重復或生物重復。
適用范圍
適合大樣本量的定量比較；
對無法用標記定量實現的實驗設計，易用label-free技術；
經典案例
題目：Label-free global serum proteomic profiling reveals novel celecoxib-modulated proteins in familial adenomatous polyposis patients（利用Label-free定量技術進行家族性腺瘤息肉病患者血清的全蛋白質組分析，尋找Celecoxib調控蛋白）
期刊：Cancer genomics proteomics
主要技術：Label-free定量
文章摘要：Celecoxib是一種環氧合酶選擇性抑制劑，能夠對患有預防家族性腺瘤性息肉病（FAP)和散發性大腸癌的病人進行防治。為了識別其具體的作用機制，本文采用多維色譜分離方法結合電噴霧串聯質譜，使用Label-free定量技術，比較經Celecoxib處理前、后血清樣品的蛋白質組表達量差異。發現了83個可能為Celecoxib響應的表達量顯著差異蛋白。通過Western blotting方法，在FAP病人和結腸直腸癌細胞系中進一步確認了一些Celecoxib調控蛋白，為進一步進行Celecoxib作用機制的大規模臨床試驗奠定了基礎。
圖：Apo A-II蛋白中特征肽的定量結果比較
注：AB為處理前，CD為處理后
Fatima N, Chelius D et al. Label-free global serum proteomic profiling reveals novel celecoxib-modulated proteins in familial adenomatous polyposis patients. Cancer genomics proteomics.
文獻來源：Fatima N, Chelius D, Luke BT, Yi M, Zhang T, Stauffer S, Stephens R,Lynch P, Miller K, Guszczynski T et al: Label-free global serum proteomic profiling reveals novel celecoxib-modulated proteins in familial adenomatous polyposis patients. Cancer genomics proteomics 2009, 6(1):41-49.
二、iTRAQ定量
iTRAQ(isobaric tags for relative and absolute quantitation，同重同位素標簽標記的相對和絕對定量)技術也是目前定量蛋白質組學中應用最廣泛的技術。
iTRAQ試劑分為報告基團、平衡基團和肽反應基團。報告基團共有8種（113、114、115、116、117、118、119、121 Da)。肽反應基團能與肽鏈N端及賴氨酸側鏈發生共價鏈接，從而將報告基團和平衡基團標記在肽段上；平衡部分質量分別為192~184，與報告部分相加正好為305。
在一級質譜圖中，任何一種iTRAQ試劑標記不同樣本中的同一蛋白質表現為相同的質荷比。在二級質譜中，iTRAQ試劑中的平衡基團發生中性丟失，信號離子表現為不同質荷比(113~121) 的峰，根據波峰的高度及面積，可以得到同一蛋白在不同樣本中的表達差異；同時，肽段的MS/MS結果結合數據庫檢索可以鑒定出相應的蛋白種類。
技術特點
靈敏度高：可檢測出較低豐度蛋白，胞漿蛋白、膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白等；
分離能力強：可分離出酸/堿性蛋白，小于10K或大于200K的蛋白、難溶性蛋白；
高通量：可同時對8個樣本進行分析，特別適用于采用多種處理方式或來自多個處理時間的樣本的差異蛋白分析；
結果可靠準確：定性與定量同步進行，同時得出鑒定和定量結果。
自動化程度高：液質連用，自動化操作，分析速度快，分離效果好。
適用范圍
適用于任何類型的樣本；
一次最多能標記8個樣本；
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