藍藻的繁殖方式有兩類,一為營養繁殖,包括細胞直接分裂(即裂殖)、群體破裂和絲狀體產生藻殖段等幾種方法,另一種為某些藍藻可產生內生孢子或外生孢子等,以進行無性生殖。孢子無鞭毛。至2018年尚未發現藍藻有真正的有性生殖。