1． 化肥流失，化肥是很多富營養化區域的主要養分來源，例如在密西西比河流域，67%的氮流入水體，隨之流入墨西哥灣，波羅的海和太湖中超過50%的氮也來自化肥的流失。
2． 生活污水，包括人類的生活廢水和含磷清潔劑。
3． 畜禽養殖，畜禽的糞便含有大量營養廢物如氮和磷，這些元素都能導致富營養化。
4．工業污染，包括化肥廠和廢水排放。
5． 燃燒礦物燃料，在波羅的海中約30%的氮，在密西西比河中約13%的氮來源于此。
6. 藍藻使水體缺氧，使動物死亡，分解者分解是又消耗氧氣，造成惡性循環。
