1、焙烤食品：將菠蘿蛋白酶加入生面團中，可使面筋降解，生面團被軟化后易于加工。并能提高餅干與面包的口感與品質。
2、干酪：用于干酪素的凝結。
3、肉類的嫩化：菠蘿蛋白酶將肉類蛋白質的大分子蛋白質水解為易吸收的小分子氨基酸和蛋白質。可廣泛地應用于肉制品的精加工。
4、菠蘿蛋白酶在其它食品加工業中的應用，有人已經用菠蘿蛋白酶來增加豆餅和豆粉的PDI值和NSI值，從而生產出可溶性蛋白制品及含豆粉的早餐、谷類食物和飲料。其它還有生產脫水豆類、嬰兒食品和人造黃油；澄清蘋果汁；制造軟糖；為病人提供可消化的食品；給日常食品添味等。