菌落PCR（Colony
PCR）可不必提取基因組DNA，不必酶切鑒定，而是直接以菌體熱解后暴露的DNA為模板進行PCR擴增，省時少力。建議使用載體上的通用引物。通常利用此方法進行重組體的篩選或者DNA測序分析。最后的PCR產物大小是載體通用引物之間的插入片斷大小。
具體方法：
1、PCR混合物的制備
Taq buffer（10×） 20 ul
dNTP（2.5 mM） 5 ul
Primer Forward（50 mM） 10 ul
Primer Reverse（50 mM） 10 ul
ddH2O 147 ul
Taq（2U/ul） 8 ul
total 200 ul
將上述溶液混勻，10 ul每管分裝于200 ul PCR管中。
2、常溫下隨機挑選轉化板上的轉化子，用滅菌的牙簽或槍頭挑取少量菌體，在LB瓊脂糖平板上輕點，做一拷貝；然后將沾有菌體的牙簽或槍頭置于相應的裝有PCR混合物的PCR管中洗滌數下（管子做好記號，如平板上點的是1＃，則管子上也標1＃，以便篩選到克隆后的擴到培養），蓋緊管子。
3、將混有菌體的PCR混合物置于PCR儀中，按常規條件擴增。電泳檢測是否得到目的片斷。如有則為陽性克隆。
4、將已經接種有菌落的平板置 37℃培養箱培養過夜，使菌落擴增；次日挑選陽性克隆做進一步篩選或培養。步驟2也可以不點板，直接接種搖菌，如果早上做PCR的話，下午就可以提質粒，得到重組載體。
注意事項：設計引物很關鍵。一般如果是定向克隆，用載體上的通用引物即可；如pET系列可用T7通用引物。如果是非定向克隆（如單酶切或平末端連接），一條引物用載體，一條引物用目的基因上的，這樣就可以比較方便的鑒定了，而且錯誤概率很低。PCR條件的選擇接近最佳，同時挑取的菌體不宜太多，否則會有非特異性擴增。
Colony PCR
Amplify SSLP marker (CER 454202) from 51MO5 Agro streaks.
E. coli 51M5 streak used as positive control.
Agro and E. coli streak of 79E22 used as negative control.
1. Mix 10 μl NEB Taq buffer + 90 μl H2O. Aliquot 10 μl of the mix into
PCR tubes. Label with the sample name. Touch each streak with toothpick
and transfer cells to the buffer in the PCR tubes.
2. Prepare PCR mix on ice:
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For each sample you need For 8 sample mix
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17 μlH2O 17 μl H2O
4 μl NEB Taq buffer 32 μl NEB Taq buffer
5 μl 2.5 mM dNTPs 40 μl mM dNTPs
7 μl CER454202 Fprime (3 μM) 56 μl CER454202 Fprime (3 μM)*
7 μl CER454202 Rprime (3 μM) 56 μl CER454202 Rprime (3 μM)**
0.2 μl Taq polymerase (NEB) 1.6 μl Taq polymerase (NEB)
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Add 38 μl of the mix to each PCR tube and mix gently by pipetting.
3. Run PCR: 95℃ 5 min
95℃ 30 sec, 52℃ 30 sec, 72℃ 1 min, 40 cycles
72℃ 10 min
*2.1 μl CER454202 Fprime (3 μM) 16.8 μl CER454202 Fprime (3 μM)
**2.1 μl CER454202 Rprime (3 μM) 16.8 μl CER454202 Rprime (3 μM)