（1）質子泵抑制劑（PPIs） 為內科治療首選藥物，劑量宜較大，如奧美拉唑、泮妥拉唑、雷貝拉唑、埃索美拉唑等。癥狀控制后以小劑量維持治療。有證據表明，PPIs長期治療后可縮短Barrett黏膜長度，部分病例BE黏膜上有鱗狀上皮覆蓋，提示PPIs能使BE部分逆轉，但很難達到完全逆轉。PPIs治療還可使BE中腸化生及異型增生消退，表明PPIs可阻止BE病情發展，增加鱗狀上皮逆轉的機會，減少惡性變的危險。
（2）促動力藥（多潘立酮，伊托必利等） 此類藥物能減少胃食管反流，控制癥狀，但療程較長。如多潘立酮，伊托必利 ，常與PPIs同時應用，以增加療效。
（3）其他 黏膜保護劑亦有一定療效，可改善癥狀，與PPIs合用效果更佳。