本征的藥物治療應慎重，避免濫用藥物。在部分患者，可能任何藥物都無效。
阿米脫林
以腹痛為主者，除常規使用阿托品、顛茄類外，可用鈣通過阻滯劑異搏停或硝苯吡啶10mg舌下含化或口服，每日3次，以減輕腹痛和排便次數。
可用抗膽堿能拮抗劑溴化賽米托品（cimetropin bromide）50mg餐前；亦可用易蒙停(imodin)2mg，每日3次，腹瀉嚴重者可適當用小劑量磷酸可待因15mg，每日3次，或選用氯苯哌酰胺。
以便秘為主者：大便干硬時可服石蠟油20ml，每日3閃，或服用蓖麻油10-20ml，每日3次，或番瀉葉5～10g泡水飲服；亦可用開塞露、甘油栓塞入肛內；對于便秘時間長，但大便不干硬者，可用胃腸動力藥嗎叮啉（多潘立酮）10mg，每日3次，或西沙必利10mg，每日服3次。
IBS患者如為粘液便，可用消炎痛25mg，每日服3次，以抑制前列腺素合成，減少粘液分泌。
菌群失調者可用促菌生2.5g，每日服2次，或雙岐桿菌乳劑，每次服50ml，或麗珠腸樂，成人口服每次1～2粒，早晚各服1次，兒童酌減，重癥加倍。