健康個體的體內,存在一定量和自身反應性T細胞,他們在維持免疫系統自穩狀態中發揮作用。例如正常人血清中可檢出抗獨特型抗體，抗核抗體，抗線粒體抗體，類風濕因子（rheumatoid factor,RF)等多種自身抗體。某些自身抗體可能具有重要的生理學功能。
例如：抗獨特型抗體具有免疫調節作用，RF是針對變性IgG的抗體，它可與多價IgG結合，從而有助于通過單核—吞噬細胞清除循環中免疫復合物。大多數自身抗體的效價較低，不足以引起自身組織的損傷，但可協助清除自身衰老蛻變的自身成分，故亦稱為“生理性自身抗體”