自身免疫可發生于下列兩種情況：
（1）像腦實質、眼球、精子等的抗原那樣，通常與免疫系統隔離的抗原，由于組織的炎癥及其他原因而滲出組織外，或由于淋巴細胞向組織浸潤而引起免疫反應。所以，這種情況的免疫反應對個體來說盡管是自身免疫，但就免疫系統來說是同對異物抗原的免疫反應一樣的。
（2）參與免疫的淋巴系細胞（免疫活性細胞）雖常同自身成分接觸，但后者不屬于反應的對象（免疫耐受性）。可是，由于某些原因導致免疫活性細胞群的耐受性失效時，就會引起自身免疫。
