原腸形成時，內胚層細胞遷移到胚體內部形成原腸腔，留有與外界相通的孔。通過胚孔背唇進入胚內的細胞將形成脊索及頭部中胚層，其余大部分中胚層細胞經胚孔側唇進入胚內。
原口動物的口起源于胚孔，稱為口胚孔，如大多數無脊椎動物；
而后口動物的胚孔則發育為成體的泄殖腔，稱為泄殖胚孔，與胚孔相對的一端另行開口，發育為成體的口。如脊椎動物及棘皮動物等。
