1.膽總管囊腫位于右上腹部，囊腫巨大時，壓迫周圍組織和器官，引起解剖上的變化。因此，術中要仔細探查，了解局部解剖關系，避免誤傷周圍臟器。
2.囊腫腸吻合成敗的關鍵是吻合口要足夠大，吻合術后因囊腫會縮小，吻合口也會隨之縮小，如術中吻合口不夠大，引流不暢時，囊內仍潴留膽汁，會造成感染，甚至可引起化膿性炎癥及穿孔。
3.囊腫腸吻合時要內翻縫合，以防吻合口瘺。為防止發生吻合口瘺，有人主張內引流同時加用外引流。近來又有作者報道術前先經鼻放置胃管，術中將胃管通過十二指腸與囊腫的吻合口放入囊腫減壓，術后3～5d拔除胃管，既可減輕吻合口承受的壓力，又可克服外引流需較長時間放管的弊端。
4.囊腫空腸Roux-Y吻合術空腸升支要有足夠的長度，一般應為35～40cm，可能減少食物的反流。但文獻報道的意見傾向于認為單純增加升支長度雖可減少反流，但曠置過多上段空腸，將嚴重影響病兒的消化及吸收。過長的升支腸袢紆曲在上腹部，是細菌大量聚積和繁殖的場所，是膽道感染時細菌的策源地，因此主張間置空腸加各種防反流瓣。
5.囊腫腸吻合術的吻合口應選擇囊腫的最低部位，以利引流。