特發性AIN的治療主要是支持治療和免疫抑制治療。一般認為，盡管部分急性腎衰竭較重者需要替代治療支持，但多數特發性AIN患者的腎衰竭經過支持治療后可自發緩解，通常預后良好，尤其兒童患者預后更佳。
鑒于此類AIN的發病機制及臨床特點均提示有免疫反應參與，臨床上常給予糖皮質激素治療。局部糖皮質激素治療多可使眼色素膜炎緩解，可給予地塞米松滴眼劑點眼每小時1次，以后根據炎癥控制情況逐漸降低點眼頻度。如滴眼劑治療引起眼壓升高可調整點眼頻度或使用副作用小的糖皮質激素，并給予抗青光眼藥物點眼治療。以后隨著炎癥減輕，逐漸降低點眼頻度。還可選用非甾體消炎藥滴眼劑點眼治療。但需注意緩慢撤藥，以防復發，復發者再次局部治療仍可見效。
對于多數TINU綜合征患者經全身性糖皮質激素治療后不僅可改善腎功能，而且可預防腎間質纖維化進展。目前認為，對病情較重者及伴有肉芽腫的特發性AIN應早期應用中等劑量的激素治療，必要時可以考慮給予甲潑尼龍沖擊治療。若無效或停藥后復發，則可考慮應用其他免疫抑制劑（如環磷酰胺或環孢素等）治療，仍可獲得滿意療效，但需特別注意監測這些藥物的副作用。
部分成人患者對激素治療反應不佳，或TINU綜合征反復復發，可遺留不同程度的腎功能損害，但僅有極少數（<5%）進展至終末期腎衰竭。