肺炎衣原體感染的預防應注意呼吸道隔離，隔離傳染源，切斷傳播途徑，及時治療患病個體。如流行期不要在人群密集的地方停留時間過長，經常洗手，講究個人衛生，強化對環境公共衛生的管理和監督。增強體質，提高自身的免疫力，是預防呼吸道感染的有效途徑。
1. 要注意避免接觸感染源。Cpn的傳播方式主要是人一人通過飛沫傳播，也可從環境中接觸后通過手自體接種。因此，要有較好的生活環境，室內要注意清潔衛生，要經常開窗換氣，保持室內空氣新鮮。可經常到空氣新鮮的戶外活動，避免到空氣污濁的公共場所，外出后注意清洗面部（口鼻處）和手，特別是要避免接觸已患呼吸道感染的病人。如家長患呼吸道感染要盡量少與小兒接觸，如必須接觸一定要戴上口罩，并注意進行室內的消毒。
2. 要注意加強身體抵抗力。一是通過被動免疫，即預防接種來提高抵抗力。6歲前的兒童，預防接種是防患傳染病的最有效辦法。二是要提高主動免疫能力，如注意營養，增強體質，進行日光浴，空氣浴等。
3. 要注意對引起疾病的誘因進行控制。如環境溫度的影響，要根據天氣變化適當穿衣，避免引起受寒，也不要捂得太多受熱。飲食也需注意，如營養不良，身體抵抗力低下，就容易被病原體侵襲，還易引起并發癥。所以應消除營養不良，防治佝僂病、貧血、缺鋅等營養性疾病。當然營養過剩或飲食不當也是呼吸道感染的誘因。因此，食量要適當，食物要合理，注意蔬菜，水果等富含維生素和纖維素的攝入。