由于經EK裂解融蛋白所釋放的目的多肽具有和野生型完全一致的N-末端氨基酸序列, 因而可作為蛋白表達體系中融合蛋白的切割試劑。但是天然的腸激酶來源畢竟有限, 并且提取分離的成本高, 加之天然提取的腸激酶易為其它蛋白酶污染, 造成切割融合蛋白的同時又降解了目的產物。而基因工程的方法正可以彌補這些不足, 因而運用基因工程的方法生產腸激酶廣為應用。商品化的腸激酶主要有兩種:天然提純的牛腸激酶和基因工程重組牛腸激酶。