肉毒毒素經消化道吸收中毒，一般經過12～72小時的潛伏期，開始出現全身中毒癥狀。
早期癥狀有惡心、嘔吐及腹瀉等，繼之出現頭痛、頭昏、眩暈、軟弱無力，中毒的重要特征為視力紊亂：復視、斜視、瞳孔散大、視力模糊，同時伴有眼球震顫，這是眼內外肌麻痹的結果。嚴重病人有吞噬、咀嚼、語言、呼吸等困難，排痰及抬頭困難，共濟失調等，神志清楚。癥狀繼續發展則出現進行性呼吸困難，全身肌肉松弛性麻痹。繼則脈搏加快，血壓下降，短時間抽搐，意識喪失，最終因呼吸衰竭、心力衰竭或繼發肺炎等而死亡。通過呼吸道吸入中毒，一般癥狀發展迅速且嚴重。其他途徑中毒的臨床癥狀，因毒劑的劑量不同而異。病人恢復較緩慢，視覺障礙恢復特慢，有時需數月之久。