作用原理：聚丙烯酰胺凝膠為網狀結構，具有分子篩效應。它有兩種形式：非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳（Native-PAGE）和SDS-聚丙烯酰胺凝膠（SDS-PAGE）；非變性聚丙烯酰胺凝膠，在電泳的過程中，蛋白質能夠保持完整狀態，并依據蛋白質的分子量大小、蛋白質的形狀及其所附帶的電荷量而逐漸呈梯度分開。
而SDS-PAGE僅根據蛋白質亞基分子量的不同就可以分開蛋白質。該技術最初由shapiro于1967年建立，他們發現在樣品介質和丙烯酰胺凝膠中加入離子去污劑和強還原劑（SDS即十二烷基硫酸鈉）后，蛋白質亞基的電泳遷移率主要取決于亞基分子量的大小（可以忽略電荷因素）。[2]