1）氣管、支氣管腔內的病變：如支氣管癌、中心型肺癌并支氣管壁浸潤、支氣管內結核、支氣管淀粉樣變、結節病等可通過支氣管鏡檢查來發現病變并進行病灶活檢。
2）肺部彌漫性病變：支氣管鏡直視下不可見的彌漫性病變：肺周圍型腺癌、彌漫性肺間質病變及各種炎癥性病變等，常通過TBLB來獲得病變的組織。
3）肺內局灶性病變：支氣管鏡直視不可見的周圍型肺腫塊或結節、局限性肺浸潤性病變，如周圍型肺癌、轉移瘤、孤立結節為表現的肺癌、結核球、炎性病變及真菌結節灶等。這些局限性病變需要借助于超細支氣管鏡或經X線或超聲引導等手段進行病灶活檢。
4）支氣管腔外病變：一些在氣管鏡直視下不能窺見或僅表現為外壓性表現的支氣管腔外病變，如縱隔腔內或肺門區域病變，腫大的淋巴結、團塊、結節病灶等，可采用經支氣管壁針吸術，獲取細胞學或組織學標本。