細菌的結構包括基本結構（細胞壁、細菌膜、細胞質和核質等，為所有細菌都具有的結構）和特殊結構兩部分。
細胞壁的主要功能：
①維持菌體固有形態并起保護作用；
②與細胞膜共同完成菌體內外的物質交換；
③細胞壁上的抗原決定簇，決定著菌體的抗原性；
④細胞壁是鞭毛運動的支點。
細胞膜的主要功能：
①物質轉運；
②生物合成；
③呼吸作用；
④分泌作用。
細胞質內有核糖體、質粒、胞質顆粒。細胞質含豐富的酶系統，參與營養物質的合成與分解，故細胞質是細菌蛋白質和酶類合成的重要場所。
細菌的特殊結構有莢膜、鞭毛、菌毛和芽胞。
莢膜的功能是：
①對細菌具有保護作用；
②致病作用；
③抗原性；
④鑒別細菌的依據之一。
鞭毛的功能是：
①鑒定價值，鞭毛是細菌的運動器官，細菌能否運動可用于鑒定。
②致病作用：鞭毛運動能增強細菌對宿主的侵害，因運動往往有化學趨向性，可避開有害環境或向高濃度環境的方向移動。
③抗原性：鞭毛具有特殊H抗原，可用于血清學檢查。
菌毛：許多革蘭陰性菌和個別陽性菌，細菌表面有極其纖細的蛋白性絲狀物，稱為菌毛。菌毛比鞭毛更細，且短而直，硬而多，須用電鏡才能看到。菌毛可分為普通菌毛和性菌毛兩類。
芽胞的功能是：
①芽胞的抵抗力很強；
②芽胞在適宜條件可以發育成相應的細菌；
③鑒定細菌的依據之一。