1.細菌對糖的分解
細菌一般不能直接利用多糖，必須經胞外酶分解成單糖后才能利用。細菌分解葡萄糖可經多途徑產生丙酮酸。丙酮酸再進一步分解時需氧菌和厭氧菌則有所不同，需氧菌將丙酮酸通過三羥酸循環分解為CO2和H2O，并產生ATP及其他代謝產物；厭氧菌則發酵丙酮酸產生各種酸、醛、醇、酮等多種產物。
2.細菌對蛋白質的分解
細菌不能直接利用大分子蛋白質，必須由細菌分泌胞外酶，將蛋白質分解為短肽或氨基酸后，才能透過細菌細胞壁和細胞膜，后經胞內酶分解氨基酸，通過脫氨作用生成氨和各種酸類，或通過脫羧作用生成胺類和CO2.