細胞間的調控質細胞是皮膚干細胞的微環境的重要組成部分，它可以產生多種調節因子，同時也具有多種細胞因子的受體，能在局部結合和聚集外來的細胞因子，形成不同細胞因子的不同濃度的分布區域，即“壁龕”結構，其中的調節因子的分布和濃度是變化的，所以該結構不是固定的，而是動態變化的。
基質細胞還通過細胞間直接接觸產生對皮膚干細胞增殖分化進行調控的信號。例如，穿膜蛋白Notch與其配體Delta或Jagged結合，促進其不斷增殖；當Dotch活性被抑制時，皮膚干細胞進入分化，發育成功能細胞陰。
Dotch是一種細胞間發生作用的保守的調控細胞分化的膜蛋白受體j高表達Dotch及配體Dehal可認為是干細胞表面分子特征。所以，皮膚干細胞是在細胞一細胞、細胞一間質水平上依賴周圍微環境進行發育的。