堿基互補配對是指核酸分子中各核苷酸殘基的堿基按A與T、A與U和G與C的對應關系互相以氫鍵相連的現象。
它是沃森和克里克首先在DNA雙螺旋結構模型中提出來的，后來發現，不僅在DNA復制中有這種規律，在轉錄過程DNA和RNA關系中也有類似的規律。甚至單鏈RNA中凡在空間靠近、可以氫鍵互相結合的堿基，也能這樣配對。
所以，這個原則具有極其重要的生物學意義。復制、轉錄、逆轉錄和轉譯等遺傳信息傳遞的基本生物過程都遵循這個原則。
