纖維支氣管鏡檢查用于以下情況：
（1） 明確肺部腫塊的性質
目前影像學診斷儀器對肺部腫塊的大小、部位能做出肯定診斷，但對腫塊性質診斷較為困難，應用纖維支氣管鏡檢查，結合活檢和刷片檢查技術，可使肺部腫塊性質診斷陽性率顯著提高。
（2） 尋找可疑和陽性痰細胞的起源
痰細胞學檢查發現癌細胞，而影像學檢查無異常發現，這類病人在臨床上稱之為隱匿性肺癌，通過纖維支氣管鏡檢查，觀察支氣管內的微妙異常征象，結合活檢和刷檢技術，能使患者早期確診，早期治療。
（3） 頑固性咳嗽
咳嗽一般為吸煙及支氣管炎、肺結核、支氣管內膜結核、肺炎、異物、肺部腫瘤等疾病所致，如果發生了難以解釋的咳嗽加重征象和對治療欠佳的咳嗽，宜作纖支鏡檢查以明確病因。
（4） 不明原因的喘鳴
一般慢性支氣管炎、支氣管哮喘均可發生喘鳴，如病人無類似的病史，且喘鳴逐漸加重，此種情況多提示氣管、大的支氣管局部性狹窄，原因可能是氣管或支氣管腫瘤、結核、異物、炎癥、痙攣等，應盡早行纖支鏡檢查以確診。
（5） 咯血及痰中帶血
咯血常見的病因有支氣管擴張、肺癌。支氣管內膜結核、肺結核、支氣管炎、肺膿腫、肉芽腫、外傷、肺血管異常等，行纖支鏡檢查可查明原因，還可經纖支鏡吸出血塊，局部注入止血藥止血，必要時可于鏡下作局部填塞治療。
肺不張病因為腫瘤、炎癥、異物等阻塞支氣管致相應的肺組織萎縮，所以一旦發生肺不張，應盡早行纖支鏡檢查以探明原因，對炎癥、異物、痰栓、血塊等所致之肺不張，經纖支鏡治療大部分人可復張。
（6） 肺不張。
（7） 氣管插管中的應用
經纖支鏡引導進行氣管插管一般可在病人清醒局麻下進行，操作引起的疼痛及不適較輕，病人易接受，尤適于頸椎有不穩定骨折脫位的病人，插管在明視下進行，因此可清楚地矯正氣管導管的位置，需要單側肺通氣時能幫助將導管準確插入左、右支氣管內。
（8） 長期氣管切開和插管中的應用
纖支鏡能發現及治療長期氣管切開或插管的并發癥，如不同程度的喉損傷、氣管損傷、出血、感染等、
（9） 清除氣管、支氣管分泌物
部分危重，年老體弱病人，咳嗽咯痰能力差，常致痰液阻塞氣道引起通氣功能障礙，并繼發肺部感染或加重肺部感染，纖支鏡可清除氣道分泌物，并能取痰做細菌培養。
（10） 肺部感染疾病中的應用
經纖支鏡取出污染的深部痰做細菌培養可明確病原菌，此外，通過纖支鏡作支氣管肺泡灌洗，局部注射抗生素，有利于炎癥的吸收。
（11） 彌漫性肺部病變
運用纖支鏡作肺活檢及支氣管肺泡灌洗有助于診斷。
（12） 對可疑肺結核的診斷
對X線胸片顯示不典型陰影而病人無痰或反復查痰均未找到抗酸桿菌情況下，也用纖支鏡進行支氣管肺泡灌洗和刷片來診斷，此外，纖支鏡檢查可診斷出支氣管內膜結核。
（13） 協助肺癌術前分期及決定切除范圍
纖支鏡檢查了解支氣管內的病變情況，特別要確定病變邊緣距隆凸的最近距離，決定支氣管和肺切除的范圍。
（14） 燒傷病人應用
燒傷病人常發生氣管內有結痂，阻塞氣道而出現通氣障礙，經纖支鏡清除氣道分泌物及結痂，有利于改善通氣。
（15） 肺泡蛋白沉著癥
經纖支鏡肺活檢可以確診此病，同時，用纖支鏡進行沖洗除去肺泡內磷脂類物資，改善肺泡的換氣功能。
（16） 嚴重哮喘
嚴重哮喘患者有氣道分泌物儲留并粘液栓形成表現，經常規治療不佳者，經纖支鏡行支氣管肺泡灌洗術，可改善肺通氣。
（17） 尖肺
用纖支鏡行支氣管肺泡灌洗治療，清除吸入肺部有害物質。
（18） 取異物
氣管、支氣管異物好發于兒童，也常見于老年人，經纖支鏡取異物可避免硬鏡及手術取異物給患者帶來的痛苦。
（19） 胸部外傷及胸部手術后應用
纖支鏡可清除氣道內血液及分泌物，同時可了解氣管損傷部位、范圍及嚴重程度，還可發現手術的并發癥及了解手術吻合口情況。
（20） 肺癌治療中及治療后隨診
應用纖支鏡檢查對肺癌手術和放化療患者進行隨診，可了解治療效果及治療后有無復發。
（21） 其它
經纖支鏡行氣管內支架置入術，纖支鏡下應用激光、高頻電灼、冷凍等治療氣管內阻塞性疾病，纖支鏡下行肺癌腔內放療、化療。代替胸腔鏡做胸腔檢查，選擇性支氣管碘油造影術等。
檢查結果分析：
（1） 粘膜表面充血、水腫、伴膿性分泌物，多為炎癥。
（2） 粘膜表面不光整，有新生物突入腔內且有壞死物附著，多見于腫瘤。
（3） 支氣管管腔變小、狹窄或阻塞，應根據病史考慮異物、炎癥、結核和腫瘤。
（4） 某葉段支氣管有大量膿性分泌物涌出，考慮肺膿腫、肺炎、肺結核、支氣管擴張伴感染等。
（5） 某葉段支氣管有血性分泌物或活動性出血，則考慮支氣管或肺出血。