無菌采集患者及病鳥、畜的生物材料，包括血液、病變臟器、流產胎兒及各種分泌物制片。將所采病料（肝、肺、脾）表面火焰消毒后，從其內部無菌取樣，涂片，用Giemsa染色，可見EB呈現紅色，RB呈藍紫色。用Stamp氏法染色，結果是在淡綠色背景的襯托下，衣原體呈現鮮紅色。碘染色（Rice）法時，低倍鏡下，沙眼衣原體的包涵體由于含有糖原而呈現棕褐色，鸚鵡熱衣原體的包涵體由于不含有糖原不被著色。在熒光顯微鏡下檢查，可見亮綠色邊界清晰的圓形顆粒，柱狀細胞內可見亮綠色包涵體。電鏡下，可以見到圓形或卵圓形顆粒，中央核心電子密度大，是EB；個體較大，中央核心電子密度低的為RB。