進生性骨干發育不全起病緩慢、隱匿，因四肢長骨受累，故常表現為肢體疼痛，肌無力。因大多數于嬰兒期發病，所以身體發育差，步行晚，步態不穩，呈“鴨步”。消瘦、矮小，患者不能跳躍、奔跑。病變部位腫痛消退后，因骨質增生出現局部膨隆，常累及雙側骨骼或先以一側開始，繼而波及對側。
Brat等報道1例成年輕型散發性進生性骨干發育不全（PDD）病變累及干骺端，但無癥狀。由于顱底骨硬化常致顱神經孔狹窄，產生顱神經壓迫癥狀，加上慢性顱內高壓等原因，可產生聽力減退（80%）、視力障礙、視盤水腫、突眼、復視、面神經麻痹等。偶可引起小腦性共濟失調，病情輕者可無癥狀。
本病一般呈進行性發展與惡化，但病程進展速度不一，無自愈可能。de Vits等報道1例進生性骨干發育不全（PDD）婦女，妊娠后骨痛、頭痛消失，并可停用糖皮質固醇類藥物，原因未明。據分析，這可能與妊娠時體內某些激素分泌或免疫調節功能變化有關，而分娩后6個月本病又復發加重。