典型的臨床特征是一側的咽部、舌根部和扁桃體部位發生突然的刀割樣或燒灼樣劇痛。疼痛可局限于咽部，也可以向下頜、外耳道和頸部放射。偶見疼痛局限于外耳道深部，這與影響到舌咽神經的鼓支有關。疼痛多為驟發，歷時短暫，疼痛持續時間很少超過1min。
吞咽、咀嚼和講話時可以誘發疼痛。疼痛發作時可伴陣發性咳嗽，咽部痙攣感，唾液分泌增加、出汗、流淚、心動過速、血壓降低或升高，和心跳驟停等迷走神經刺激癥狀。疼痛多為單側，偶可與三叉神經痛并存，罕見雙側舌咽神經痛。原發性舌咽神經痛發作時雖然劇痛難忍，但無陽性體征，而且發作間期如常人。舌咽神經痛很少有“扳機點”，偶有“扳機點”也常在扁桃體窩內。