急性壞死性小腸結腸炎的起病通常較急。新生兒發病于開始喂養后，特別是人工喂養，母乳喂養者很少發病。年長兒及成人發病者可能與進食不潔飲食有關。主要癥狀有：
1.腹痛
突發，短時間內逐漸加重，之后演變為持續腹痛伴陣發性加劇，多為全腹痛。常伴明顯腹脹。
2.腹瀉和便血
特點為由輕到重，開始為稀糊便，隨后出現水樣便，通常在起病后12～72小時出現血便，為鮮血便或果醬樣，常伴有特殊腥臭氣味。
3.惡心嘔吐
可含有膽汁，嚴重者可嘔血。
4.發熱
一般在38℃以上，可伴有煩躁，或精神萎靡甚至嗜睡，系由于細菌毒素和壞死組織吸收后的毒血癥引起。
5.其他并發癥
主要有麻痹性腸梗阻、腸穿孔和化膿性腹膜炎，發生率雖低于感染性休克，但一旦出現則預后較差。