頭孢噻肟為第三代頭孢菌素，抗菌譜廣，對大腸埃希菌、奇異變形桿菌、克雷伯菌屬和沙門菌屬等腸桿菌科細菌等革蘭陰性菌有強大活性。 注射用頭孢噻肟鈉對普通變形桿菌和枸櫞酸桿菌屬亦有良好作用。陰溝腸桿菌、產氣腸桿菌對本品比較耐藥。本品對銅綠假單胞菌和產堿桿菌無抗菌活性。頭孢噻肟對流感桿菌、淋病奈瑟菌（包括產β內酰酶株）、腦膜炎奈瑟菌和卡他莫拉菌等均有強大作用。本品對金黃色葡萄球菌的抗菌活性較差，對溶血性鏈球菌、肺炎鏈球菌等革蘭陽性球菌的活性強，腸球菌屬對本品耐藥。
