在食品生產中，預防肉毒桿菌污染和肉毒毒素產生的最好方法是原料控制、環境監測和高溫殺菌三個關鍵環節。原料控制：要求食品企業堅持良好的農業操作規范，采購安全可靠、未受芽孢污染的食品原料，應在通風、低溫、有氧環境下儲存食品原料，不給肉毒桿菌及其芽孢提供生長繁殖的條件；環境監測：企業應掌握生產地肉毒桿菌及芽孢分布流行狀況，保持清潔的加工環境，定期對儲存、生產、運輸等周圍環境進行抽樣檢測；高溫殺菌：在生產加工過程快采用適當的高溫處理工藝，可以有效控制肉毒桿菌污染，保證食品安全。
