隨著對FCM研究的日益深入，其價值已經從科學研究走入了臨床應用階段，在我國臨床醫學領域里已有著廣泛的應用。可用于白血病的分型、腫瘤細胞染色體的異倍性測定，以及免疫學研究，并已開始用于細菌鑒定，病毒感染細胞的識別和艾滋病感染者T4、T8細胞的記數。
自70年代以來，隨著流式細胞技術水平的不斷提高，其應用范圍也日益廣泛。流式細胞術已普遍應用于免疫學、血液學、腫瘤學、細胞生物學、細胞遺傳學、生物化學等臨床醫學和基礎醫學研究領域。
