種子發芽室主要是為種子發芽試驗而準備的大型實驗設備，因此其工作的過程都是圍繞種子發芽試驗而展開的，而我們知道，種子只有在合適的溫度、濕度和光照條件下，才能夠正常健康的發芽，因此種子發芽室主要的幾個調控參數就是溫度、濕度和光照度。
1.種子發芽的重要參數之一就是溫度，因此溫度是種子發芽室的第一個重要的調控參數，它主要是通過加溫和制冷設備來完成的，溫度測量主要采用的是風度值1度的溫度計測量，并且由于種子發芽室內會存在溫度差，因此測量點并不是只有一個，而是分別選取了室內死角及中部不少于5點測量。通過種子發芽室的溫度調控功能，可以根據種子發芽的溫度要求來進行調節，還可以模擬大自然白天、黑夜溫度的差異。
2.種子發芽室第二個重要的調控參數之一就是濕度。在種子發芽中，濕度的控制是十分重要的，因為濕度不合適很有可能會造成種子不發芽或霉爛等現象，進而導致種子發芽試驗不成功，因此種子發芽室精準調控室內的濕度就變得十分重要了，而為了為精準濕度調控提供科學依據，種子發芽室中還需要配備濕度檢測儀器，以便實施監測濕度變化，種子發芽室內的濕度測量可以采用分度值RH1的干濕度計進行，而調控則是依靠加濕器和風扇等。
3.有些種子發芽還需要一定的光照度，因此光照度也是很多種子發芽室中需要調控的參數之一，光照是通過內設燈光來滿足的，根據不同的種子發芽試驗對光照的要求來調節燈光的光照度。
在種子發芽室各個部件的綜合作用和控制中心的統一調配下，種子發芽室能夠根據種子發芽的要求，將室內的環境保持在一定的濕度、溫度和光照強度下，保證了種子發芽試驗的順利進行，也給試驗人員帶來了不少的便利。