在進化過程中的一個基因通過重復而生成許多個基因,這些基因逐步分化成為不同的基因,這些不同的基因稱為種內同源基因。例如,在脊椎動物進化過程中,祖先珠蛋白基因位置重復而后逐步分化成α珠蛋白基因、β珠蛋白基因和肌球蛋白基因等。