離子阱的定性問題：空間電荷效應是離子阱一切問題的根源。不管什么樣的離子阱，不管怎么去控制阱里面的離子數量，這個效應一直存在。離子互相碰撞會產生離子反應，離子反應的結果導致：
（1）創造出樣品中不存在的離子，給定性帶來極大的困擾，專業術語叫“鬼峰（ghost peak）”。
（2）譜庫檢索匹配度低，質譜的定性依賴于譜庫檢索，所謂匹配度低，是指離子阱的譜圖和標準譜庫中的譜圖相似性低，比較難確定被測物到底是不是譜庫中那個東西。舉個例子，現在人臉識別的準確度很高，但是如果拍出來的照片是糊的或者五官變形的，當然就識別不出來或者會張冠李戴。譜庫檢索匹配度低的原因：存在鬼峰、碎片離子強度比例畸變等。
（3）定性結果不穩定，據用戶反映，離子阱氣質聯用如果進樣量不同，或者樣品的前處理方法不同（如用不同的溶劑萃取），出來的碎片譜圖可能會不一樣。