研究解析栽培草莓“祖先”的基因組圖譜

原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/8/507227.shtm

草莓具有重要的經濟和營養價值，現代八倍體栽培草莓起源于兩個八倍體野生種弗州草莓和智利草莓的種間雜交。近日，中國科學院昆明植物研究所研究員朱安丹專題組深入解析了八倍體草莓的起源和遺傳分化特征。相關研究成果在線發表于《自然-植物》。

朱安丹表示，由于草莓屬系統發育解析涉及未知的祖先、同源染色體交換和不完全譜系分選等問題，學術界至今對八倍體草莓的二倍體祖先問題存在較大的爭議。此外，八倍體草莓在馴化過程中的亞基因組的同源偏向性表達及轉變模式并不明確。

該研究提出了一套適用于多倍體的ALLHiC迭代掛載流程，構建了兩個八倍體野生草莓智利草莓和弗州草莓染色體水平的高質量分型基因組。研究人員完成了八倍體草莓亞基因組的分離，并在此基礎上采用不同的分析方法重新追溯了八倍體草莓的二倍體祖先。

研究結果糾正了國外學者在亞基因組分配上的錯誤，并進一步確定森林草莓和飯沼草莓是八倍體草莓現存的二倍體祖先種。研究還探討了八倍體草莓在馴化過程中的同源偏向性表達分化，并基于空間四聯體方法完成了八倍體草莓的靜態和動態的同源偏向性分析，并鑒定到了一些重要的轉錄因子在馴化過程中發生了表達偏倚。

  ?

八倍體野生草莓基因組圖譜解析（昆明植物所供圖）

相關論文信息：