Brugada綜合癥為常染色體顯性遺傳性疾病。研究認為編碼鈉電流、瞬時外向鉀電流(Ito)、ATP依賴的鉀電流、鈣-鈉交換電流等離子通道的基因突變都可能是Brugada綜合癥的分子生物學基礎。
1998年Chen等最早證實了編碼心臟鈉通道基因(SCN5A)的alpha；亞單位突變是Brugada綜合癥的遺傳學基礎之一。在心室復極早期，由于SCN5A基因突變導致內向鈉電流(INa)減少和Ito明顯增加，心室外膜與內膜之間Ito的電位差明顯增加，從而產生J點的抬高和ST段的抬高。由于右室的心外膜Ito電流比左室心外膜的Ito電流更具優勢，因此，心電圖表現也特征性的定位在V1-V3的右胸導聯。2相折返是Brugada綜合癥發生VT和VF的電生理原因，它與跨壁的復機離散度增大有關，同時也與過早活動觸發機制有關。當心室局部某一處內外膜離子流和電位差明顯增大時，可引起相鄰部位的2相折返，從而誘發VT和VF。