已知的真核起始因子中，eIF2B與人類遺傳病的關系最為密切。eIF2B的五個亞基基因的常染色體遺傳性隱性突變會導致白質異常，在臨床上表現為一系列嚴重的連續癥狀，稱為“eIF2B相關紊亂”。典型的如腦白質病，即白質消失（vanishing white matter，VWM）和卵巢衰竭（ovarian failure）。這種紊亂疾病持續時間久，伴隨年齡增長而不斷惡化，而且當感染發燒或輕微腦部外傷都可以惡化病情而導致死亡。最嚴重時會在嬰兒期就造成死亡，而如果持續到最后會導致成人卵巢發育失敗并可能伴隨神經退化。
在哺乳動物中，eIF3的e亞基（eIF3e）由Int6基因編碼，而Int6基因是鼠乳腺癌病毒（mouse mammary tumor virus）基因組的整合位點。而病毒基因組的插入能夠導致生成被剪切的eIF3e，表達被剪切的eIF3e就能夠導致細胞發生癌變。因此，eIF3e雖然不直接引發癌癥，但卻與癌癥的發生密切相關。
此外，eIF2的α亞基中磷酸化位點的突變能夠導致與PERK（PKR-like endoplasmic reticulum kinase）基因缺失相似的癥狀。而PERK基因突變能夠遺傳性疾病Wolcott-Rallison綜合癥，表現為幼年重糖尿病伴隨骨骼異常生長延遲。但還沒有關于該磷酸化位點的突變發生在人體中的報道。