實驗方法原理 從理論上講，前包埋原位雜交技術的敏感性高于后包埋原位雜交技術，因為前者可觀察到來自整個切片厚度的信號。但是，探針并不一定能穿透整個切片厚度，特別是用較長的探針。為了增加穿透性，經常應用凍融法或者蛋白酶和去污劑處理，而這樣做會導致一些胞內成分如核糖體的丟失，嚴重時會造成超微結構的形態改變。更不利的一個因素是如果沒有強大的透性處理，就不能用較大的金交聯物（>5nm) 顯示雜交探針。
作為替代，可以用過氧化物酶交聯和超微金交聯物（<lnm)。過氧化物酶可以用二氨基聯苯胺顯色，但缺點是分辨率太低，且不能對反應產物定量。超微交聯物則太小而不能在顯微鏡下直接觀察到，必須通過銀染増強后才能被看見（Danscher1981)，但這一過程又可能產生一些大小不規則的銀顆粒，從而妨礙目標物的準確定位。而且，已有報道銀染增強能對超微結構產生負面影響（Eggeretal.1994;Macvilleetal.1995)。