電子探針分析有兩種掃描方式：線掃描分析和面掃描分析。
（1）線掃面分析
使聚焦電子束在試樣觀察區內沿一選定直線（穿越粒子或界面）進行慢掃描。
X射線譜儀處于探測某已知元素特征X射線狀態，得出反映該元素含量變化的特征X射線強度沿試樣掃描線的分布。
X射線譜儀處于探測未知元素狀態，得出沿掃描線的元素分布圖，即該線上包含有哪些元素。
（2）面掃描分析
聚焦電子束作二維光柵掃描；X射線譜儀處于探測某一元素 特征X射線狀態，得到由許多亮點組成的圖像，即X射線掃描像或元素面分布圖像。
元素含量多，亮點密集。根據圖像上亮點的疏密和分布，確定該元素在試樣中分布：亮區代表元素含量高，灰區代表含量低，黑區代表含量很低或不存在。