用質譜數據對肽段從頭測序實驗（三）

蛋白樣品

質譜儀

另外一種便于人工解析 CID 譜及從頭測序的化學方法是對肽段的羧基實行甲酯化。這個反應使肽段每一個羧基質量增加 14u, 包括未修飾的（末端、 Asp 和 Glu上的羧基。如果肽段中沒有酸性殘基，同時C未端沒有被修飾，那么只有 y 系列離子及其中性丟失離子會表現出質量數的變化，比較衍生化號未衍生化兩份樣品的碎片離子譜就會鑒定出 y 系列離子。如臭肽段中存在酸性殘基，這個方法的價值就極具有限了，因為只能鑒定中間碎片。對 N 末端殘基特異性標記從而鑒定b 系列離子的方法也有嘗此在這些實驗中肽段的氨基被衍生化，衍生化試劑在氣相中含有永久正電荷。雖然這些方法在概念上引人注目，但在實踐上遇到困難，主要由于在質譜分析衍生化物之前必須先你去過景的試劑，同時這個反應不能區別 N 末端氨基和賴氨酸側鏈上的氨基。