生物工程設備主要的有：
培養基制備設備、空氣凈化除菌設備、生物反應器、通風發酵設備、厭氧發酵設備、動植物細胞培養裝置和酶反應器、微生物細胞破碎設備、過濾與離心以及膜分離設備、萃取與離子交換設備、蒸發和結晶設備、干燥設備、蒸餾設備、物料輸送設備與產品包裝設備、生物工程供水與制冷系統及設備。
生物工程，一般認為是以生物學（特別是其中的微生物學、遺傳學、生物化學和細胞學）的理論和技術為基礎，結合化工、機械、電子計算機等現代工程技術，充分運用分子生物學的最新成就，自覺地操縱遺傳物質，定向地改造生物或其功能，短期內創造出具有超 遠緣性狀的新物種，再通過合適的生物反應器對這類“工程菌”或“工程細胞株”進行大規模的培養，以生產大量有用代謝產物或發揮它們獨特生理功能一門新興技術。