20世紀后期至今，分子生物學、免疫學、微生物學等相關科學發展迅猛。以此為基礎，細菌疫苗又有了較大的發展，出現了組分疫苗、DNA疫苗等多種現代新型細菌疫苗，這為研發及生產更加安全、性質穩定、保護性好的細菌疫苗帶來新的希望。現將這幾種現代新型疫苗介紹如下。
1、 組分疫苗
經典的減毒活疫苗和滅活疫苗是細菌疫苗研究的基礎，但是這類疫苗成分復雜，存在可能能引起免疫副反應的物質，其安全性及有效性都有待進一步提高。隨著科技的進步，人們對各致病菌具體免疫組分的認識不斷深入，組分疫苗的研制因此興起并迅速成為細菌疫苗領域的研究熱點。目前，組分疫苗種類繁多，就其實質而言，可以劃分為以多糖為基礎的組分疫苗和以蛋白質為基礎的組分疫苗，但目前市面上使用的主要是以多糖為基礎的組分疫苗。1974年批準生產的A群流腦多糖疫苗是第一個細菌組分疫苗。1977年肺炎鏈球（Streptococcus pneumonia, S.pn）14價多糖疫苗投入生產，1983年WHO專家建議用新研制成功的肺炎鏈球菌23價多糖疫苗代替14價多糖疫苗，該疫苗對所覆蓋血清型的S.pn感染具有一定的保護作用，但是由于S.pn多糖莢膜分子量小，屬于非T細胞依耐性抗原，對免疫系統發育不完善的2歲以下小兒保護性弱，故存在一定不足。在這一時期，人們發現多糖及蛋白質的結合會激發T細胞免疫來幫助剛出生的小動物產生免疫性，這一偉大發現打開了研發多糖蛋白結合疫苗的大門。依據多糖蛋白結合技術研發出的以破傷風類毒素為載體的b型流感嗜血桿菌多糖蛋白結合疫苗(PRP-T)對所有b型流感嗜血桿菌（Haemophilus influenzae type b ,Hib）侵襲性疾病的預防效果達95%，對Hib肺炎的預防效果甚至達到了100%。目前，肺炎鏈球菌莢膜多糖-CRM197疫苗、A群及C群流腦莢膜多糖蛋白結合疫苗已在臨床上廣泛應用。許多細菌在生長過程中產生大量蛋白質，其中某些蛋白質在細菌的黏附、侵襲過程中發揮重要的作用。絕大多數的蛋白質抗原屬于T細胞依賴（TD）抗原，含有T細胞和B細胞表位，能刺激機體產生體液和細胞免疫，具有免疫記憶功能。隨著蛋白質組學和基因組學技術的進步，大量的蛋白質和其編碼基因被篩選出來，蛋白組分疫苗由此成為細菌疫苗的新的研究方向。1982年，Valenzuela將乙型肝炎病毒表面抗原基因片段重組到釀酒酵母中，重組后的酵母成功表達乙型肝炎病毒表面抗原（HBsAg）。這一突破性的技術為研制蛋白疫苗奠定了基礎。1986年9月，默克公司生產的重組酵母乙肝疫苗獲得美國FDA的批準成功上市，這是第一個也是目前使用最成功的蛋白疫苗。1998年12月，葛蘭素史克公司開發的重組伯氏疏螺旋體表面蛋白A(OspA)疫苗得到美國FDA的批準上市。目前，霍亂弧菌、傷寒桿菌、痢疾桿菌的蛋白疫苗的開發已進入動物實驗階段，幽門螺桿菌的蛋白疫苗已進入III期臨床實驗階段。相信在不久的將來會有不少細菌的蛋白疫苗問世。
2、 DNA疫苗
DNA疫苗安全性好，制備、儲存方便，可在同一個質粒載體上克隆多個目的基因從而達到一種疫苗預防多種疾病的效果，更重要的是它模擬了自然狀態下機體感染外源性病原微生物后在體內表達抗原及誘生免疫反應的過程。1989年，Wolff將DNA質粒注射到小鼠的骨骼肌后，意外地發現外源基因可以在骨骼肌細胞中表達，且表達產物的活性可長達2個月。1992年，Tang等將CMV啟動子表達的人生長激素（hGH）基因以基因槍注射的方法注入小鼠耳內，3~6周后在小鼠體內檢測到高滴度的抗hGH特異性抗體，上述研究直接導致了DNA疫苗的誕生。目前，已有多種細菌DNA疫苗的研究正在全球范圍內展開。