1.用電子束作照明源，顯微鏡的分辨本領要高得多，分辨本領：2-3nm，可以直接分辨原子，并且還能進行納米尺寸的晶體結構及化學組成的分析。
2.但電磁透鏡的孔徑半角的典型值僅為10-2-10-3rad。
3.幾何像差：由透鏡磁場幾何形狀上的缺陷而造成的。
4.色差：由電子波的波長發生一定幅度的改變而造成的。
環境掃描電鏡中的“環境“并非真正意義上的大氣環境，與傳統SEM樣品室高達10-3-10-6Torr的真空度相比，ESEM樣品室的真空度很低，從1Torr-20Torr，非常接近大氣環境，但不等同于760Torr的大氣環境。