液相色譜的柱子通常分為正相柱和反相柱。正相柱大多以硅膠為柱，或是在硅膠表面鍵合-CN,-NH3等官能團的鍵合相硅膠柱；反相柱填料主要以硅膠為基質，在其表面鍵合非極性的十八烷基官能團（ODS）稱為C18柱，其它常用的反相柱還有C8,C4,C2和苯基柱等。另外還有離子交換柱，GPC柱，聚合物填料柱等。
一、反相色譜柱的選擇
1．柱子的pH值使用范圍反相柱優點是固定相穩定，應用廣泛，可使用多種溶劑。但硅膠為基質的填料，使用時一定要注意流動相的PH范圍。一般的C18柱pH值范圍都在2-8，流動相的pH值小于2時，會導致鍵合相的水解；當pH值大于7時硅膠易溶解；經常使用緩沖液固定相要降解。一旦發生上述情況，色譜柱人口處會塌陷。同樣填料各種不同牌號的色譜柱不盡相同。如果流動相PH較高或經常使用緩沖液時，建議選擇pH范圍大的柱子，例如戴安公司的Acclaim柱pH2-9或Zorbax的pH2-11.5的柱子。
2．填料的端基封尾（或稱封口）把填料的殘余硅羥基采用封口技術進行端基封尾，可改善對極性化合物的吸附或拖尾；含碳量增高了，有利于不易保留化合物的分離；填料穩定性好了，組分的保留時間重現性就好。如果待分析的樣品屬酸性或堿性的化合物，選用填料經端基封尾的色譜柱。
3．戴安公司Acclaim柱子介紹—極性封尾C16固定相柱戴安公司有28種類型的柱子，Acclaim反相柱填料高純，金屬含量極低，完全封尾。pH2-9范圍內兼容，低流失，高柱效。尤其是2003年推出的Acclaim極性封尾C16柱，是先商品化的磺酰氨-O鏈接鍵的色譜柱，具極低的硅羥基活性，能在極性溶劑甚至100%水的條件下長期使用。對酸性和堿性化合物有極為尖銳的好的色譜峰形，與現有的*色譜柱相比有更好的立體選擇性。
二、液相色譜柱的使用色譜柱在使用前，進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。在做柱性能測試時要按照色譜柱出廠報告中的條件進行（出廠測試所使用的條件是佳條件），只有這樣，測得的結果才有可比性。但要注意：柱性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同。
1、樣品的前處理
a、使用流動相溶解樣品。
b、使用預處理柱除去樣品中的強極性或與柱填料產生不可逆吸附的雜質。
c、使用0.45—0.8
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