填料的粒度主要影響填充柱的兩個參數，即柱效和背壓。粒度越小，其表面積越大，填充柱的柱效超高;然而粒度越小，柱壓越大，柱壓的增加限制了粒度小于3pm的填料應用。在相同選擇性條件下，提高柱效可提高分離度，但不是唯一的因素。
如果固定相選擇是正確，但是分離度不夠，那么選用更小粒度的填料是很有用的。3um填料填充柱的柱效比相同條件下的5pm填料的柱效提高近30%;然而，3um的色譜柱的背壓卻是5um的2倍。與此同時，柱效提高意味著在相同條件下可以選用更短的色譜柱，即相同的塔板數或分離能力，但是柱長更短，以縮短分析時間。另外，可以采用低粘度的溶劑做流動相或增加色譜柱的使用溫度，比如用乙睛代替甲醇，以降低色譜柱的壓力。