確診或疑似病人均可采用抗病毒治療。對于單純皰疹病毒引起者可用無環鳥苷；其它病毒引起者可用病毒唑及中西醫結合綜合療法。
病毒性腦炎的預后與所感染的病原密切相關。單純皰疹病毒引起者預后較差。不少存活病人留有不同程度的后遺癥。
除注意體格鍛煉外，注射各種抗病毒疫苗是預防病毒性腦炎的根本途徑。
